Estudio de caso de TGen

El brote de 2020 de la pandemia COVID-19 (SARS-CoV-2) ha unido al mundo en una lucha común, a la vanguardia de la cual se encuentran los trabajadores médicos, investigadores y científicos. Como organización dedicada a "realizar investigaciones innovadoras con resultados que cambian vidas", el Instituto de Investigación de Genómica Traslacional (TGen), un afiliado de City of Hope, es parte de la comunidad médica global que busca activamente formas de tratar y eliminar COVID- 19.

TGen es un instituto de investigación con sede en Arizona que ha estado realizando investigaciones sobre numerosas enfermedades humanas y formas de cáncer desde 2002. Para ayudar en la lucha mundial contra COVID-19, TGen está trabajando para desarrollar un conjunto de datos centralizados y agregados que puedan extraer COVID- 19 genomas secuenciados y otros datos relacionados de múltiples fuentes. Este conjunto de datos puede ayudar a mejorar la investigación, el análisis de datos y aumentar la comprensión del genoma viral.

RETOS

  • Falta de un repositorio de datos compartido del genoma del SARS CoV-2 y metadatos relacionados
  • Procesos de análisis de datos que requieren mucho tiempo
  • Dificultades para compartir conocimientos entre investigadores a nivel mundial
  • Capacidades de infraestructura limitadas para ejecutar diversos flujos de trabajo computacionales

SOLUTION

phoenixNAPes personalizado Hardware-as-a-Service soluciones impulsadas por CPU Intel Xeon Dual Gold 6258R, Intel NVMe (P4610) que utilizan Intel VROC, Intel NIC y memoria persistente Intel Optane, ampliando la capacidad de memoria (128 Gb DRAM + 1536 GB Intel PMem); Productos de conmutadores Ethernet programables Intel® Tofino ™.

RESULTADOS

  • Procesamiento de datos rápido con Intel PMem en comparación con la RAM tradicional
  • Plataforma centralizada para el acceso y análisis de datos globales
  • Base de datos integrada para una investigación más eficiente a escala global
  • Infraestructura optimizada para cargas de trabajo con gran capacidad informática

"Examinar los datos genéticos en busca de información útil es crucial para ayudar a llevar los tratamientos a los pacientes más rápido, y estamos encantados de trabajar con Intel utilizando tecnologías como la memoria persistente para acelerar no solo el ritmo del descubrimiento, sino también nuestra capacidad para encontrar respuestas en los datos. TGen espera aprovechar la memoria persistente de Intel para acelerar el rendimiento de la base de datos genómica."

-James Lowey, CIO, TGen